台湾《经济日报》12日社论指出：台当局“交通部”高铁财务改革方案在“立法院”遭到否决之后，旋即让台当局损失了一位重要成员，台当局“交通部长”宣布请辞。台当局新“行政院长”毛治国运作伊始，即遭遇此项重大挫折，不仅严重打击台当局威信，也令人对其往后之决策产生疑虑；特别是在“立法院”交通委员会的党团大会表决中，竟然是以18票对0票否决了传统上必然会全力相挺的国民党重大政策，十足反映了国民党主政下的当局运作产生了严重问题，必须正视并设法解决。
“立法院”否决隔日，“行政院政务委员”杜紫军召集“交通部”、“财政部”和所属八大行库开会讨论后续处理及接管事宜，显示出“政院”的积极态度。然而，令人怀疑的是，在“交通部”向”立院“提出此项重大改革方案之前，“政院”是否曾经和“交通部”研商，而能完全理解其改革已成为”唯一且最佳“之方案下，支持并愿意为其全力背书，让外界在事前即充分理解，并动员国民党“立院”成员支持，而非事后再来全力收拾善后。
“行政院”可能认为，在现行体制下应该尊重各部会之权责；除非是跨部会之事务，不宜由某一部会独力负责者，才适合由“政院”出面统筹协调。但是，“政院”必须了解，目前的台当局部会领导人变化迅速，经常一年半载又是“新官上任”，遭遇到的挑战经常太多太快，新任首长不可能样样精通、事事娴熟，若无常态性的机制来加以协助或督导，极可能新官上任还没有带来新气象，就被不熟悉的挑战压垮而阵亡，或者有些重大的业务推动模式因为属下怠惰、首长专业有限而长年废弛，待问题恶化甚至爆发严重事端之后，“政院”再出面解决皆已事倍功半，并打击台当局威信和人民信赖。
比如台湾高铁财务问题属于上述之前者，“第三方支付”问题即属于上述之后者。“第三方支付”问题在相关单位拖延怠惰多年，严重影响台湾电子商务产业之发展；待大陆电子商务以惊人之姿掠夺台湾版图之下，“行政院”才出面协调相关部会面对，迄今仍未“立法”解决。本案相关部会多年来行政怠惰严重，然其“政治责任”早已无人、也无法承担。
岂止是上述两案而已，再举一例：台湾亟欲和外国签署自由贸易协定(FTA)；然而，要签署自由贸易协定前须了解台湾和对手国贸易状况来分析产业优劣竞争态势，但迄今为止台湾仅有“货物贸易统计”，缺乏“服务贸易统计”，在研究对手国彼此之服务贸易开放策略时，根本无统计数据可进行分析。这是一个现代化经济体难以想像的状况，但台湾行政部门却怠惰多年，“行政院”也不当一回事。
许多外界的重要意见屡屡经由舆论之披露，让主管部会有机会见识学习；但台当局官员每每因循旧例或习于体承上意，不愿意排除低效方案以建立创意新案。例如，媒体曾建议由“需求面”着手，增加新创企业之存活机会，带动产业发展，此一深具创意之构想，迄今未能获得主管部会采纳，主管官员仍习于循旧例办理，而怠于提出创新创意的产业发展方案。
“行政院”对于上述状况“坐而不视”的原因，可能在于其编制有限难以兼顾。然而，在相关政务委员之下，抽调数位相关部会人员担任其研究分析幕僚、增列若干研究经费，即可显着强化其掌握各部会负责业务的能量，不会像目前对于任何重大事务，即使关心也因缺乏研析而无能为力，甚至只能在事后进行善后。 另一个可能的途径，是将监理部会的责任委由“国家发展委员会”负责；由于台湾“国发会”目前吸纳了“研究发展考核委员会”，可以强化其能量及功能到全面掌握各部会的职掌范围。
在“立法院”效能不彰，各党团自主权力高张之下，各部会在“修法”上怠忽职守的现象更甚以往，“行政院”不能让类似“第三方支付”或“高铁财改”的灾害继续发生。
