协议适用水域是蓝鳍金枪鱼的优良渔场。日本渔船捕鱼时顺着黑潮水流以南北方向放下延绳，而台湾渔船则是以东西方向，双方捕鱼方式有所不同。由于担心与蜂拥而至的台湾渔船发生渔具缠绕等纠纷，日本渔船避开在该水域作业。
“共同社”指出，今年1月制定的作业细则规定，针对在适用水域中的八重山诸岛北部与久米岛西部的部分水域统一采用日本捕鱼方法曾有过协商，但据多名渔业相关人士透露，八重山诸岛北部如今依然没有日本渔船。
一位渔民表示，“因为有风险而不去北部，目前在没有台湾渔船的南部作业”。八重山渔协主席上原龟一表示，“当日台的渔场重迭时，就要看是否能好好地遵守规则”。
据“共同社”报导，台湾地区对协议基本持欢迎态度。台湾“农业委员会渔业署署长”沙志一指出，“在协议适用水域，去年蓝鳍金枪鱼捕获量为前一年的3.6倍”，并表示希望就扩大台方作业范围进行磋商。
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