对两岸而言，“军事互信机制”并非全无意义，由于机制提供了交流平台及具体的交流项目，有助于双方互信的建立。又因台湾受制于既存的地缘战略权力架构，两岸处于敌对状态，且此状态不因两岸紧张情势的趋缓，而有较大的改善。西方经常散播“中国威胁论”，认为大陆的崛起威胁到周边国家的安全；而对台则指解放军的军力发展针对台湾，并以攻台为其首要目标，强化两岸的敌对意识，藉此以强化台湾对西方的“依存关系”；美国以军售支持台湾的防卫能力，并在《台湾关系法》的基础上，获取对台军售的正当性。
因此在此战略环境下，两岸有许多的军事反应，并不代表两岸的真实敌意，只是顺应地缘战略情势对“中国威胁论”的反射。其中最具代表的论述即“大陆导弹对准台湾”，是台湾安全上的最大威胁；因此应以“撤弹”为建立军事互信机制的前提；这种论述纯为宣传，毫无军事逻辑的根据。又因两岸没有军事交流的正式管道，这些不应存在于两岸，而只存在于地缘战略上的互疑，终得不到化解。故为促进两岸的“军事互信”，应在军事上建立常态化的协商机制，以消弥互疑、增进互信，此乃建立两岸军事互信机制的真实意义。
两岸军事互信机制的倡议及演进
两岸军事互信机制的发韧，应溯自1996年的台海危机，美国意识到台海和平稳定的重要性，亟欲推动其亚太地区和平的安全政策，因此鼓励两岸对话，并提出两岸签定“中程协议”的建议；安排形成三边的“信心建立措施”，鼓励两岸以新的创意，扩大合作解决问题，以营造两岸和平环境。台湾方面在此氛围下，于2000年7月，即开始官方的军事互信机制研究，规划区分近、中、远程，终以“结束敌对状态，签订两岸和平协议”为目标，并认为政府与民间均持“不排斥”与“乐观其成”的态度。自此，接连的几次《“国防”报告书》中，皆有类似的表述，但未有实质的进展。
此一阶段，台湾在美国的支持与鼓励下，显出较为积极的应对态度，但亦见美国掌控地缘战略上的影响能力。美国的用心意在台海和平而不在两岸和解。不但立场鲜明，且不愿在台海危机中将美军拖下水，此一战略思维与现今美国的“重返亚洲”、“再平衡”战略并无二致。
大陆方面，基于两岸关系的本质，不使问题国际化，故以国家联盟为基础的多边架构不适用于两岸而拒绝。台湾则须第三方的安全保证，倾向于多边架构，而不接受与大陆建立双边的“军事互信机制”，终使此议束之高阁。
2005年连战的和平之旅，开启了国共两党直接对话之门。就建立军事互信机制的性质而言，从先前的多边架构，拉回到纯属两岸的双边架构。又因不改“军事互信机制”之名，保有之前的延续性；大陆方面刻意使用“军事安全互信机制”一词，有别于原先的“军事互信机制”，以彰显其性质的改变。
虽然经由性质的改变，促进了两岸的直接交流。但台湾方面少了美方的介入，亦少了原有的积极态度，开始以时机未成熟而踌躇不前。2008年马政府执政后制定的两岸政策，认为应本着“先经后政”，“先易后难”的原则，循序渐进，持续发展，虽使两岸紧张关系大幅降低，但在推动两岸军事互信机制上则显消极。
此时，又提政治与军事孰先孰后的问题，为拖延找藉口。从理论言，引用克劳塞维茨“战争是政治的延续”之说，应先政治而后军事。但确忽略了他的另一句话：“战争是没有目的的，所有战争的目的，只是政治的目的”。亦即是“军事”，从属于“政治”，并赋予军事为政治服务的工具性格。基于此概念，“有了政治互信，必然有军事互信”，亦即确立了政治互信，就不必再求军事互信机制的建立；另一说法谓，既然军事为政治的工具，运用军事互信机制的方法手段，消弭战争，追求和平，在和平环境中，逐步建立政治互信；毕竟政治只是一种状态，都会有矛盾存在，难求解决；而军事只有“和”、“战”，维持和平即是军事互信。此思维则谙“和平发展”、“和平崛起”之寓意，建立军事互信机制的必要性。因此，政治与军事互信互为表里，是可以与时俱进，并行不悖的。
2011年6月，马英九提出了“国防”的三道防线论，认为要用“和平来解决争端”，所以其第一道防线是“两岸关系的制度化”，实已隐涵建立两岸互信机制的意向。又提出“历史上的分合”理论，认为中国历史上每一次的分合，都要靠战争才能解决。现今两岸要用和平来解决争端，这是中华民族、炎黄子孙的一个创举。希望我们（两岸）把这段历史写好。这个主张不但与大陆“和平发展”的两岸政策吻合，亦与建立军事安全互信机制的目的相通。而揭橥(zhū)的中国的历史分合理论，则是两岸和平发展的基础，和解的最新时社约数。
建立两岸“军事安全互信机制”，发展至此双方都显得迟疑谨慎，但却迈出了重要且正确的一步。扬弃涉及地缘战略大环境的多边架构，展现了两岸直接商谈的双边机制，同时确立其理论基础，定位在中华民族历史分合传承与两岸无从规避的历史责任上。
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