据台湾媒体报道，今年八月林全内阁敲定，新设机关海洋事务委员会明年四月将于高雄成立，海巡署改隶其下，由二级降为三级机关，近来已引起署内恐慌。海巡署内部官员坦承，如果台当局没有充分配套措施，高阶官员低占职缺一层压一层的情况将十分严重，部分中低职等官员可能十几年升不了官，对士气的打击相当严重。
据报道，海巡署人员透露，同仁们今年底之前，会被要求填写意愿书，询问是否愿意转往新成立的海洋委员会任职。但是如果南下海洋委员会，当局并不安排宿舍，必须自行在高雄寻觅住处。
投诉人向台媒指出，配合海巡署降编，主管员额就会减少，未来大多数简任官恐都将离开主管职，甚至目前传出，连荐任科长也将大减六十几个，只能降为编审或专员。他们的本俸虽不至于受影响，但将因此无法领取主管加给，而且对于有严格退伍年限的军职人员而言，更等于未来升迁无望，因此提前报退的人数明显增加。
海巡署官员则举例，目前海巡署辖下的海洋巡防总局长与海岸巡防总局长都是十三职等，未来十三职等的缺只有副署长一职，目前副署长已有人担任，两个总局长只能先以十三职等官阶，去占只有十二职等幕僚参事缺，等到未来副署长高升或退休再递补。
同样的道理，海巡署主秘一职原本是十二职等，改制后主秘可能会以十二职等先占十一职等的专门委员等职缺，结果是高阶先占较低阶位置，较低官员再占更低阶位置，一层压一层，未来要等到上头的高阶官员消化官位完毕后，基层官员才能往上升迁。
因此，内部官员指出，目前海巡署内部最关心的就是希望海委会将来成立后，是否能有位置让海巡署官员过去；另外海委会未来除海巡署外，还会有海洋保育署，海保署是否也有职缺可容纳海巡署官员，成为海巡署内部期盼的方向。
海巡署正向行政院争取，是否可以在未来海巡署中增设处级单位，这样十二职等的一级主管就有位置可以容纳，但目前只有调查局设处级单位，连警政署都只设十一职等的组级单位，未来是否能增设处级，海巡署没有把握。
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